Superarvuti muutis geeniuurija töö kümme korda kiiremaks

Tartu Ülikooli teadusarvutuste keskuse arvutifarmis tööle hakanud Eesti ühe võimsama superarvuti saab Metspalu panna korraga lahendama 70 ülesannet. Varem üritas ta sama tööd teha bioinformaatikute juures, kus samade arvutustega nägid korraga vaeva näiteks kuus arvutit.

Metspalu uurimisvaldkond on inimeste põlvnemine ning arvuti jaotab alleelisageduste erinevuste alusel analüüsitavad andmed eri rühmadesse, mille põhjal võib öelda, millisest maailma piirkonnast on keegi pärit.

Tulemuste abil on võimalik teada saada, kuidas toimus maakera asustamine inimese poolt ninSuperarvuti muutis geeniuurija töö kümme korda kiiremaksg kuidas inimesed tuhandeid aastaid tagasi erinevatesse piirkondadesse elama asusid. „Meie töö on liikumas aina rohkem selles suunas, et mitokondri-DNA uurimiselt minna kogu genoomi analüüsile. See on aga põhimõtteline erinevus: mitokondri-DNA puhul tuleb analüüsida 16 000 erinevat positsiooni, kogu genoomi puhul on maht kolm miljardit,“ ütles ta.

Tartu Ülikooli arvutuskeskuses asuv superarvuti, mida Metspalu ühena esimestest kasutab, koosneb 42st arvutusserverist, juhtmasinast ja salvestusseadmest. Lisaks geeniuurijatele avab võimas arvuti uued võimalused ka arvutuskeemias, astronoomias ja materjaliteaduses. Arvutifarm on avatud kasutamiseks kõigile Tartu Ülikooli teadusgruppidele ning teiste Eesti teadusasutuste teadlastele.

Tartu Ülikooli infotehnoloogia peaspetsialist Lauri Anton ütles, et kuigi sõna arvutifarm tekitab ettekujutuse majatäiest arvutitest, siis tegelikult mahub selline superarvuti vabalt ära ühele ruutmeetrile arvutikuhi kõrgub kahe meetrini. “Nagu riidekapp,” ütles ta.

Uut arvutifarmi hankides oli põhikriteeriumideks protsessorite võimsus, madal voolutarve ja arvutitevaheline kiire ühendus. Parima nõuetele vastava pakkumise tegi AS MicroLink koostöös Sun Microsystems'iga.

Detailsem info arvutifarmist:

- Arvutifarm koosneb juhtarvutist, 9TB salvestusseadmest ja 42 arvutusserverist.

- Igas serveris on 8 protsessorituuma, 32GB mälu ja 500GB kõvaketas.- Kõik arvutid on omavahel ühendatud kiire (20Gbit/s) ja väikese latentsusega InfiniBand ühendusega, see võimaldab edukalt kasutada tihedalt suhtle paralleelsust nõudvaid programme.- Kasutatakse väikese voolutarbega Intel Xeon E5400-seeria protsessoreid.-Klastri arvutusjõudluse teoreetiline maksimum on 840 gigafloppi (840 miljardit ujukomatehet sekundis).

Autor: ituudised.ee - Äripäeva IKT uudiste teemaveeb