Indrek Kald • 3 aprill 2020

TalTech pani vaba arvutiressursi murdma COVID-19 molekule

Tallinna Tehnikaülikooli IT-töötajate koostöös seati praegu jõude seisvad TalTechi arvutiklasside arvutid rahvusvahelises projektis murdma COVID-19 molekule.

Koroonaviiruse uurimiseks eraldatud arvutid Suurbritannias Bristolis asuva panga kontoris.  Foto: Folding@home

Selleks installeeriti arvutitesse Folding@Home nimeline tarkvara (FAH). Arvutiklasside arvutid liituvad suurde arvutusprojekti ning tänaseks on TalTechi arvutiklassid aidanud arvutusi teha juba paari nädala jooksul.

FAH või F@h on hajusarvutusprojekt, kus simuleeritakse viiruses asuvate valkude dünaamikat, valkude pakkimise protsessi ja liikumist. Suur arvutusülesanne on keskse serveri poolt jagatud pisemateks arvutusjuppideks, mida arvukad osalejad saavad oma arvutites kliendiprogrammi jooksutades alla laadida, arvutada ja hiljem arvutusülesande tulemusi kesksesse serverisse üles laadida.

Neid arvutustulemusi saavad hiljem kasutada näiteks bioloogid, viroloogid või molekulaarkeemikud.

Varem on sel viisil uuritud mitmeid haigusi

FAH-projekt aitab kaasa mitmete haiguste uurimisele, seni on uurimisobjektideks olnud molekulid Alzheimeri, Parkinsoni, Huntingtoni tõvedest, samuti on uuritud erinevaid vähivorme, Ebolat, hepatiiti, Zika viirust, Dengue´i palavikku ja teisi tõbesid. Sellest aastast lisandus neile COVID-19 koroonaviiruse molekulide simuleerimine ja praegusel on see FAHi peamiseks ülesandeks.

Arvutustes saab igaüks anda oma panuse COVID-19 koroonaviiruse uurimiseks. Osalemiseks tuleb FAHi kodulehelt alla laadida tarkvara, olles veebibrauseriga nende veebis, tuleb vajutada lingile "StartFolding".

Tehnikaülikooli IT-töötajad on arvutusstatistika koordineerimiseks loonud FAH tiimi nimega "Tallinn University of Technology", mille ID kood on 254117. Kõik ülikooliga seotud inimesed, nii tudengid kui töötajad, on oodatud osalema ülikooli FAH-tiimis.

Suur kasutajate huvi on liitumist aeglustanud

Kuna viimastel nädalatel huvi FAHi vastu suurenenud ja selle arvutusprojektiga on liitunud väga palju kasutajaid, siis on projekti veebileht aeglane ning arvutusülesandeid on saadaval napilt. Kui arvutus kohe ei alga ja programm näitab, et ei saa ülesanded kätte, tuleb olla kannatlik.

Arvutusülesande kätte saamine praeguse kasutajatetulva tõttu võib võtta üle poole päeva, samas võib ülesande kätte saada ka hetkega. Ka ei uuene FAHi statistika nende veebis praegusel ajal eriti sageli, uuenemissagedus kõigub paarist tunnist mitme päevani.

TalTechi IT-teaduskonna dekaan Gert Jervan soovitab sättida oma FAH-programm töörežiimile "MEDIUM", sest see on väga arvutusintensiivne programm.

"Esiteks toodab arvutusintensiivne programm ohtralt soojust, kui arvuti on veidi vanem ning selle jahutus on kehvapoolne, võib see põhjustada ülekuumenemist. Teiseks, kuna tegemist on arvutusintensiivse programmiga, muudab see arvuti ülejäänud programmid aeglaseks. "MEDIUM"-režiim sätib koormuse 75% juurde, kus jagub ressursse muudele programmidele ning arvuti ei kuumene üle," selgitas ta.

Jaga lugu:
ITUUDISED UUDISKIRJAGA LIITUMINE

Telli olulisemad Ituudised uudised igal nädalal enda postkasti.

Ituudised.ee toetajad:

Indrek Kald
Indrek KaldITuudised.ee toimetajaTel: 511 1112
Äripäeva reklaamiosakond
Äripäeva reklaamiosakondTel: 6670 105
Mari Sarapuu
Mari SarapuuIT konverentside programmijuhtTel: 5372 1821