Arvutiteadlased osalevad suures geeniprojektis

Projekti CINECA (Common Infrastructure for National Cohorts in Europe, Canada and Africa) raames loovad teadlased pilvepõhise andmete kogumise võrgustiku, mis aitab volitatud teadlastel ligi pääseda 1,4 miljoni inimese geeniandmetele. Projekt aitab kiirendada haiguste uurimist, ravimite avastamist ja arendamist. Selline koostöö kolme maailmajao vahel on esmakordne.

Tartu teadlastest on projekti kaasatud arvutiteaduste instituudi juhataja ja bioinformaatika professor Jaak Vilo, bioinformaatika vanemteadur Hedi Peterson ning bioinformaatika teadur Kaur Alasoo.

Kaur Alasoo selgitas, et ülikooli arvutiteadlaste ülesanne on uute tööriistade loomine, mis võimaldab suuremahulisi geeniandmed erinevate riikide vahel paremini analüüsida ilma, et kõiki andmeid ühte kohta kokku tuua.

"Eesmärk on, et analüüsijuhised saaks viia andmete juurde. See on vajalik, kuna alati ei ole võimalik kõiki andmeid koondada logistilistel ja eetilistel põhjustel või turvakaalutlustel," lisas Alasoo.

Lisaks hakkavad ülikooli arvutiteadlased otsima lahendust, kuidas kindlaks teha, mis tüüpi andmeid on erinevates andmekogudes. Näiteks võimaldaks TÜ teadlaste kaasabil loodud süsteem ELIXIR Beacon üles leida haruldaste geenivariantide kandjad.

"Kui näiteks Eestist leitakse haruldase geneetilise variandi kandja, mis võib põhjustada mingi haiguse, siis selle süsteemi abil on võimalik uurida, kas mujal maailmas on veel inimesi, kellel on sama geneetiline variant ja kas neil on sama haigus," kirjeldas Alasoo võimalikku stsenaariumit.

Projekti CINECA tulemusel loodud tööriistad võimaldavad päringuid teha lihtsamalt ja kiiremini. Samuti tagab CINECA andmete konfidentsiaalsuse ja ainult eesmärgipärase kasutamise. Projekt toetab personaalmeditsiini arengut, et iga patsienti saaks ravida vastavalt tema DNA iseärasustele. Kuna iga geneetilise variandi mõju mõne haiguse tekkimisele on väike, siis on vaja nende mõjude täpseks hindamiseks väga suuri riikideüleseid andmestikke.

Projekti CINECA juhib Euroopa molekulaarbioloogia labori bioinformaatika instituut ja seda rahastatakse Euroopa Liidu teadusuuringute ja innovatsiooni raamprogrammist Horisont 2020.